國立陽明大學前身「國立陽明醫學院」成立於1975年，由臺北榮民總醫院協助創辦，為臺灣戰後第一所由國家創建之醫學院，立校初期設定為培養公費醫師下鄉服務的醫學教育機構，首招醫學系公費醫學生120位。
隨著高等教育的改革呼聲，臺灣醫界對醫學教育的改革期盼愈發強烈。順應這個潮流，教育部將陽明醫學院設定為改制醫學大學先鋒，1994年改制為「國立陽明大學」，成為臺灣第一所以生醫為主軸的研究型大學。從初期的四個學院開始，陽明大學逐步擴張為擁有醫學院、生物醫學與工程學院、生命科學院、護理學院、牙醫學院、人文與社會科學院和藥物科學院等七個學院的全方位大學，是其它生醫大學的標竿。
在研究方面，陽明大學在醫學、生命科學、生物科技等領域舉足輕重。其中最為人所矚目者為2000年陽明大學與榮總醫研部合作的「人類第四號染色體千萬鹼基定序工程」，為探究肝癌致病機轉提供線索。2005年陽明大學呼應教育部的「邁向頂尖大學」計畫，對基因體、腦科學等領域挹注資源，成為臺灣相關研究的翹楚。
受限於規模與校地，陽明大學在發展為一般綜合性大學上有其困難，但她轉為凝聚型大學，並致力發展學術聯盟，開創高等教育的新猷。自2000年起陽明大學與交通大學、清華大學、中央大學組成「臺灣聯合大學系統」，共享教學與研究資源。2001年，在交通大學有意發展生醫的前提下，為陽明交通兩校奠定深度融合的基礎。同時，陽明大學於2002年與政治大學、臺北市立聯合醫院等成立「聯盟醫療系統」，持續深耕生醫研究，2008年更將衛生署宜蘭醫院改制為附設醫院，戮力弭平城鄉差異與發展社區醫學，回應創校的理念與精神。
2021年與交通大學合校前，陽明大學計有11個學士班、37個碩士班、32個博士班，及為數眾多的研究中心，為國家培育無數生醫領導人才，也為陽明大學與交通大學的合校累積豐厚的人脈與實力。