國立交通大學前身「南洋公學」創立於1896年，由提倡新政之清廷大臣盛宣懷（1844-1916）奏准於上海設校，此乃滬校之始。所設科系多與輪船、郵電、商業等實業相關，1912年改稱交通部上海工業專門學校，1920年北洋政府交通總長葉公綽（1881-1968）將交通部所屬上海工業專門學校（滬校）、唐山工業專門學校（唐校）、北平鐵路管理學校及北平郵電學校（平校）等合併為交通大學，至此奠立交通大學在工程、科學與管理方面之專長。1937年，交通大學與全國各大學一同改隸教育部而稱「國立交通大學」。
1949年國民政府遷臺，1956年交通大學創校六十週年紀念大會，校友趙曾珏等致電交大在臺同學會，建議交通大學在臺復校並創設電子研究所，獲與會校友及教育部長張其昀（1901-1985）支持。1957年5月，由教育部主稿，會同國防、經濟、交通三部，呈請行政院核准交通大學復校。同年10月，行政院准由教育部先行籌備，並聘請淩鴻勛擔任籌備處主任委員。11月同學會發起籌建校舍募捐運動，以募集新臺幣壹佰萬圓為目標，在臺校友以班級分編為卅三隊，分頭並進，最後募集總額超過原訂目標一倍以上。
1958年6月1日交通大學電子研究所正式成立，李熙謀（1896-1975）擔任首屆所長，並聘請臺大教授盛慶琜（1919-2018）處理所務，於新竹營建校舍。1964年，核准招收大學部學生，初設電子工程、電子物理兩系，1967年改制工學院，1968年增設電子研究所博士班。
1979年恢復校名為「國立交通大學」，郭南宏擔任第一任校長，除帶領師生遷至光復校區，並持續創校之初所設定的大電子領域，以電子、資訊與通訊為核心重點，發展相關科技與管理學門。1995年成立人文社會學院，厚植人文精神與涵養。2015年張懋中出任交通大學校長，任內除於臺南校區設立「智慧科學暨綠能學院」，於博愛校區籌設智慧醫院，更並積極促成交通大學與陽明大學之合校。
在臺歷經一甲子耕耘，交通大學從純理工大學邁向綜合型大學，至2021年與陽明大學合校前，總計設有電機、資訊、理、工、管理、人文、生科、客家、光電、科技法律、國際半導體產業及智慧科學暨綠能共 12 個學院，學生人數達13,000人。校地總面積為 878,888.52 平方公尺，包含新竹市光復校區 627,260.42 平方公尺及博愛校區 142,842.95 平方公尺、新竹縣六家校區 25,001.15 平方公尺、臺北市台北校區 1,793 平方公尺、臺南市台南分部 81,991 平方公尺。